Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών προσφέρει τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών στα Οικονομικά, στη Διοίκηση Επιχειρήσεων και στην Εφοδιαστική & Διοίκηση Αλυσίδας Εφοδιασμού. Σε συνεργασία με άλλα Τμήματα του ΑΠΘ λειτουργούν τα Διατμηματικά Μεταπτυχιακά Προγράμματα Τουρισμός και Τοπική Ανάπτυξη, Διοίκηση Επιχειρήσεων και Πληροφορικά Συστήματα, Διακυβέρνηση-Περιφερειακή Ανάπτυξη, Δίκτυα και Πολυκλοκότητα.